“巴”名的起源古今说法不一。古人至少有三种解释：一曰源于河流形状，曲折如“巴”子，古谓之“巴”；二曰出于动物形象，许慎《说文.巴部》:"巴，虫也，或曰象蛇“；三曰源于植物，《史记.张仪列传》：苴、蜀相攻击”，“苴”音巴，所以其字遂以苴以为巴。

远古时期属禹贡梁州之域。巴中的建制始于东汉。

东汉时期和帝永元年间（公元89年至105年）始置汉昌县。东汉建安六年（公元201年）属巴西郡，又先后置归化郡、大谷郡。

南北朝时期，北魏宣武帝延昌3年（514年)首置巴州。

1993年7月5日设立巴中地区。巴中地区辖原达川地区的巴中市、通江县、南江县、平昌县，巴中地区行政公署驻巴中市。

2000年6月14日撤销巴中地区和县区巴中市，设立地级巴中市。市人民政府驻新设立的巴州区。巴中市设立巴州区，以原县级巴中市的行政区域为巴州区的行政区域。区人民政府驻巴州镇。巴中市辖原巴中地区的南江县、平昌县、通江县和新设立的巴州区。

2013年元月18日，设立恩阳区，这也就是2013年中国唯一获批的成建制县级区，至此，巴中行政区划变更为三县两区：平昌县、通江县、南江县、巴州区、恩阳区。